Produkter

Analysen af ​​proteomomfattende phosphoryleringshændelser er stadig en stor analytisk udfordring på grund af proteinphosphoryleringsnetværkets enorme kompleksitet.I dette arbejde evaluerer vi komplementariteten af ​​Lys-N, Lys-C og trypsin med hensyn til deres evne til at bidrage til den globale analyse af phosphoproteomet.En raffineret version af lav-pH stærk kationbytning blev brugt til effektivt at adskille N-terminalt acetylerede, phosphorylerede og ikke-modificerede peptider.I alt 5036 ikke-redundante phosphopeptider kunne identificeres med en falsk opdagelsesrate på <1 % fra 1 mg protein ved at bruge en kombination af de tre enzymer.Vores data afslørede, at overlapningen mellem phosphopeptiddatasæt genereret med forskellige proteaser var marginal, hvorimod overlapningen mellem to lignende genererede tryptiske datasæt viste sig at være mindst 4 gange højere.På denne måde muliggjorde den parallelle brug af Lys-N og trypsin en stigning på 72 % i antallet af detekterede phosphopeptider sammenlignet med trypsin alene, hvorimod et trypsin-replikateksperiment kun førte til en stigning på 25 %.Når vi udelukkende fokuserede på trypsin- og Lys-N-dataene, identificerede vi 4671 ikke-redundante phosphopeptider.Yderligere analyse af de påviste steder viste, at Lys-N- og trypsin-datasættene var beriget med signifikant forskellige phosphoryleringsmotiver, hvilket yderligere beviser, at multiprotease-tilgange er meget værdifulde i phosphoproteomanalyser.