Produkter

Patogene molekylære veje i cirrhotiske leversygdomme såsom hepatitis C-virus (HCV), autoimmun hepatitis (AIH) og primær biliær cirrhose (PBC) er dårligt karakteriseret.Differentielt udtrykte gener er ofte vigtige i sygdomspatogenese.Suppression subtraktiv hybridisering (SSH) er en genomomfattende tilgang, der beriger for differentielt udtrykte mRNA-transkripter.Vi havde til formål at lave nye observationer af differentiel genekspression i cirrose ved hjælp af SSH kombineret med kvantitativ real-time revers transkriptase polymerase kædereaktion (RT-PCR).Levertranskriptomer i HCV-cirrose, AIH-cirrhose, PBC og ikke-sygt levervæv blev undersøgt med SSH.Resulterende komplementære DNA (cDNA) kloner blev genscreenet for differentiel ekspression ved dot-blot hybridisering og derefter sekventeret.Udvalgt genekspression blev kvantificeret ved real-time RT-PCR.Efter SSH blev 694 kloner genscreenet for differentiel genekspression, hvoraf 145 blev sekventeret og fundet at stamme fra 89 forskellige gener.Syv kloner var kun homologe med udtrykte sekvensmærke (EST)-sekvenser, der koder for gener uden kendt funktion.Opreguleret ekspression af fire gener blev bekræftet ved real-time RT-PCR: transmembran 4 superfamiliemedlem 3 (tetraspanin CO-029) i alle former for cirrhose, hedgehog interacting protein (HIP) i AIH cirrhose og kitinase 3-like-1 (HC gp-39 eller ykl-40) og arginin-glutaminsyre-gentagelse (RERE) ved HCV-cirrhose.RERE-genpolymorfier og splejsningsvarianter blev observeret i alle undersøgte væv.Tetraspanin CO-029 opregulering var primært lokaliseret til galdedukulære celler.Som konklusion blev der lavet nye observationer af differentiel genekspression i human cirrhose ved hjælp af SSH som det primære opdagelsesværktøj.Især yderligere undersøgelser af RERE-genet og dets produkter i HCV-associeret leversygdom er berettiget.